Desde la puesta en marcha del primer Plan Estratégico del Bidasoa en 1993, la comarca ha formado parte de un gran número de proyectos de cooperación territorial transfronteriza y europeos.
A través de los diferentes departamentos del Ayuntamiento de Irun, del Ayuntamiento de Hondarribia y de la agencia de desarrollo local Bidasoa activa, se ha trabajado en proyectos de formación y empleo, emprendimiento introducción de la innovación en las empresas (principalmente Pymes), promoción turística, intercambio cultural y deportivo, … en resumen, todos aquellos ámbitos con un potencial de desarrollo económico y social para el territorio.
Asimismo, y en virtud del convenio de gestión con el Consorcio transfronterizo Bidasoa Txingudi, formado en 1998 por los municipios de Irun, Hondarribia y Hendaya, la agencia asume la gestión de los proyectos de cooperación transfronteriza en los principales ámbitos de actuación del Consorcio: turismo, cultura, euskera, deporte, movilidad, patrimonio histórico y cultural.
Estos proyectos han contado desde 1993 con el apoyo de instituciones como la Diputación Foral de Gipuzkoa, el Gobierno Vasco y la Unión Europea a través del Fondo Social Europeo, el Fondo de Desarrollo Regional, el Fondo de Cohesión y numerosos otros programas entre los cuales hay que destacar el programa de cooperación transfronteriza INTERREG I-II-II-IV o POCTEFA (Programa Operativo de Cooperación Territorial ESPAÑA-FRANCIA-ANDORRA, FEDER).
Bidasoa activa ofrece asimismo, a través del Observatorio urbano del Bidasoa, la continua actualización de los datos socio económicos clave de la comarca e informa sobre la evolución, tendencias y actualidad de los principales sectores económicos, con el objetivo ser una herramienta de consulta e información de referencia en el territorio.